发酵后的异亮氨酸发酵液一般是经过酸化，并加絮凝剂絮凝，使发酵液中过量的大分子蛋白絮凝沉淀，然后经过板框过滤，得到的清液进行上柱进行提取。然而由于下游制药工业和市场的竞争对产品的质量、生产成本、环境保护提出了更高的要求，使得该工艺问题逐渐突出，具体表现在：
1、树脂提纯无法将杂质去除干净，成品的纯度不高，操作又不方便，还造成环境的污染；
2、活性炭脱色对产品产生吸附，导致收率下降，脱色的效果也不理想；
3、 浓缩成本高昂，并且由于温度的提高导致产品受热变色，产品色泽控制难。
新工艺路线如下：
利用新工艺有如下优点：
1、 框滤液经薄膜浓缩后，经活性碳过滤除杂，再经SWM超滤膜脱色效果较佳，在工业化上采用。料液由原来的深棕色变成浅黄色，透光率可达50%以上。这样做出的成品外观颜色、形状及质量较好，纯度较高。整条工序的总收率也较高。超滤脱色收率可达99%以上，***终浓缩倍数可在13倍以上。
2、纳滤系统浓缩异亮氨酸的浓度达4%左右，接近结晶前的浓度。透过液没有损失，收率高达99％以上，其通量及浓缩液质量基本能够满足工业化生产上的要求。这样可部分代替蒸发浓缩过程，能耗大大降低，也可有效防止蒸发浓缩过程因温度太高而使产品变性及影响成品色泽的危险。
